当前中国行政管理体制的主要问题，是尚未实现从计划经济的管制型、全能型政府向市场经济的规制型、服务型政府的转变，具体表现在以下几个方面。
首先，政府过多、过细地干预微观经济运行，对社会管理和公共服务投入远远不足；其次，政府权力过度集中，很多部门集决策权、执行权和监督权于一身，导致部门利益膨胀，寻租盛行；再者，各部门之间职能交叉、权责不清，延长了决策周期，增加了行政成本。
大部制改革固然可以在相当程度上解决各部门之间职能交叉、权责不清的问题。但是，如果不能改变政府权力过度集中的现状，则大部制反而有可能令部门利益更加膨胀，令政府对微观经济运行的干预更加严重。
